منطقه آسياي مركزي و افغانستان با حدود 95 ميليون جمعيت، طي يک‌دهه اخير در حوزه‌هاي مختلف ژئوپليتيکي (محل تلاقي قدرت‌هاي منطقه‌اي و فرامنطقه‌اي)، ژئواستراتژيکي، ژئواکونوميکي (منابع عظيم انرژي؛ به ويژه نفت و گاز حوزة خزر) و ژئوکالچري (به ويژه در چهارچوب نظريه برخورد تمدن‌هاي هانتينگتون) داراي اهميتي روزافزون در نظام بين‌المللي گرديده است. در این میان طی سال‌های اخیر حضور چین و هند به عنوان قدرت‌های اقتصادی نو ظهور و از سویی دیگر رشد جریان افراط در منطقه بر میزان اهمیت آسیای مرکزی و افغانستان افزوده است.
اين موقعيت مهم ژئوپلتيكي و ترانزيتي، برخورداري از ذخاير عظيم انرژي و معدني، همسايگي با قدرت‌هاي نوظهوري مانند روسيه، چين، هند و ايران، و قدرت‌گيري جريان افراط، موجب توجه و افزايش رقابت قدرت‌هاي بزرگ منطقه‌اي و فرامنطقه‌اي جهت بسط، توسعه نفوذ و مديريت فرايندهاي سياسي، امنيتي، اقتصادي و ترانزيتي در اين منطقه شده است. تحولات آسیای مرکزی و افغانستان، تاثير مستقيم و عميقي بر منافع و امنيت ملي کشورهای منطقه داشته و خواهد داشت.
به‌ دلایل ذکر شده و نیز جغرافیا و فرهنگ مشترک جمهوری اسلامی ایران با کشورهای یاد شده، در سال 1393 جمعی از کارشناسان علاقمند به تحولات اين حوزه، مبادرت به تاسيس یک مرکزی تحت عنوان موسسه مطالعاتی آسیای مرکزی و افغانستان (ایران شرقی) در شهر مشهد نمودند.
دليل استقرار مؤسسه ايران شرقي در شهر مشهد نيز، جايگاه و اهميت استان خراسان رضوي در توسعه مراودات سياسي-اقتصادي، فرهنگي جمهوري اسلامي ايران با كشورهاي اين منطقه است. اين استان با برخورداري از بيش 1800 کيلومتر مرز مشترک با افغانستان و ترکمنستان و پنج گذرگاه بين‌المللي به همراه سيستم جامع و پيشرفته حمل و نقل هوايي، ريلي و جاده‌اي، جزو مراکز مهم ترانزيتي در منطقه محسوب مي‌شود.
 موسسه مطالعات آسیای مرکزی و افغانستان (ایران شرقی) بر آن است تا فعالیت‌های علمی، موضوعات و تحولات حوزه هدف را بی‌طرفانه و مستقلانه تجزیه، تحلیل و سیاست‌پژوهی کند. ایران شرقی تنها موسسه مطالعاتی ایرانی است که این حوزه را به گونه تخصصی تحت مطالعه قرار داده است. کادری مجرب از پژوهشگران مستقر در موسسه با همکاری کارشناسان و مراکز مطالعاتی کشورهای هدف، تاکنون ده‌ها پژوهش کاربردی – راهبردی را در حوزه‌های سیاسی – امنیتی به انجام رسانده است.